Στην γνωσιακή – συμπεριφορική θεραπεία, ο θεραπευτής βοηθάει το άτομο που υποφέρει από μια φοβία να εντοπίσει τις αρνητικές και παράλογες σκέψεις του σχετικά με το αντικείμενο ή την κατάσταση που φοβάται και να τις αντικαταστήσει με πιο ρεαλιστικές που στηρίζονται στην αντικειμενική πραγματικότητα.

Το άτομο μαθαίνει επίσης τρόπους και τεχνικές αντιμετώπισης του αντικειμένου ή της κατάστασης που φοβάται, ανάλογα με το αντικείμενο της φοβίας, την έντασή της και την ψυχοσύνθεσή του.

Αυτή η αντιμετώπιση γίνεται με ειδικό τρόπο, συστηματικά και με συγκεκριμένες τεχνικές, οι οποίες μειώνουν σταδιακά τον φόβο μέχρι και την εξάλειψη της φοβίας.

Ένα ακόμα μέρος του ψυχοθεραπευτικού προγράμματος, εφόσον χρειαστεί,  είναι η εκπαίδευση του ατόμου στην διεκδικητική συμπεριφορά και στις τεχνικές επίλυσης προβλημάτων.

Μέσα στο θεραπευτικό πλαίσιο, το άτομο μαθαίνει, επίσης, να αντιμετωπίζει αποτελεσματικά τις σωματικές αντιδράσεις του φόβου, καθώς και τεχνικές διαχείρισης του άγχους, όπως ασκήσεις σωματικής και ψυχικής χαλάρωσης, συγκέντρωσης και αναπνοής.

Τέτοιου είδους προγράμματα εφαρμόζονται π.χ. σε αρκετές αεροπορικές εταιρείες για άτομα που φοβούνται να ταξιδέψουν με αεροπλάνο, αλλά αναγκάζονται ή επιθυμούν να κάνουν ένα ταξίδι με αυτό το μέσο.

Τα ψυχοθεραπευτικά προγράμματα αντιμετώπισης φοβιών έχουν αποδειχτεί ιδιαίτερα αποτελεσματικά όταν βασίζονται στη συνειδητή απόφαση του ατόμου να αντιμετωπίσει το πρόβλημά του και την ενεργό συμμετοχή του στην ψυχοθεραπευτική διαδικασία.