Η αιτιολογία των ειδικών μαθησιακών δυσκολιών δεν είναι γνωστή. Υπάρχουν ωστόσο ενδείξεις ότι μπορεί να εμπλέκονται οι παρακάτω παράγοντες:
Δυσλειτουργία στο Κεντρικό Νευρικό Σύστημα.
Κληρονομικότητα
Συγγενής αιτιολογία (συμβάντα κατά την κύηση ή τον τοκετό).
Οι Ε.Μ.Δ. είναι εγγενείς στο άτομο, δηλαδή χαρακτηρίζουν (ή όχι) ένα άτομο από τη γέννησή του μέχρι το τέλος της ζωής του και δεν εμφανίζονται ξαφνικά κάποια στιγμή και δεν εξαφανίζονται κάποια στιγμή ξαφνικά.