Οι αιτίες για τις διαταραχές κατάποσης μπορούν να ταξινομηθούν ανάλογα με το είδος της διαταραχής. Έτσι η δυσφαγία μπορεί να οφείλεται μεταξύ άλλων σε:
Δομικές διαταραχές των οργάνων που συμμετέχουν στη κατάποση (π.χ. κακοήθεις νόσοι κεφαλής – τραχήλου)
Βλάβες του κεντρικού νευρικού συστήματος (π.χ. εγκεφαλικό επεισόδιο)
Βλάβες του περιφερικού νευρικού συστήματος (π.χ. Μηνιγγίτιδα)
Βλάβες στις νευρομυϊκές συνάψεις (π.χ. Μυασθένεια Gravis)
Βλάβες στους μύες (π.χ. ενδοκρινικές / μεταβολικές μυοπάθειες)